Окраска и опознавательные знаки
Основная схема окраски, принятая в Люфтваффе для дневных бомбардировщиков заключалась в следующем. Верхнюю поверхность и борта фюзеляжа, а также верхнюю поверхность крыльев и оперения покрывали черно-зеленой краской RLM 70 Schwarzgruen (FS 595В - 34050) и темно-зеленой RLM 71 Dunkelgruen (FS 595B -34079-34086). Нижние поверхности самолета выкрашивали голубой краской RLM 65 Hellblau (FS 595B - 35352).
Для самолетов, эксплуатировавшихся на средиземноморском и североафриканских театрах военных действий использовали иную схему окраски. Верхние и боковые поверхности самолета покрывали песочного цвета краской RLM 79 Sandbraun (FS 595B - 33434), а нижние поверхности выкрашивали краской RLM 78 Hellblau (FS 595В - 35352-35414). Некоторые самолеты из LG 1, которые воевали в Северной Африке, были дополнительно камуфлированы нерегулярными пятнами, сделанными оливково-зеленой краской RLM 80 Olivegruen (FS 595B - 34052) на верхней поверхности фюзеляжа и крыльев.
В зимний период верхние поверхности самолетов Ju 88 (главным образом Ju 88A и Ju 88С) выкрашивали белой смываемой краской.
Самолеты Ju 88A-6, состоявшие на вооружении KG 54 и применявшиеся для нарушения коммуникаций союзников на Средиземном море получили особенное дополнение к стандартному камуфляжу, состоявшее из извилистых линий, сделанных краской RLM 76 Hellgrau (FS 595B -36473) на верхних поверхностях самолета. У ночных бомбардировщиков Ju 88 часто нижние поверхности фюзеляжа, крыльев и оперения покрывали черной краской RLM 22 Schwarz (FS 595В - 37038).
Совершенно по-иному камуфлировались ночные истребители Ju 88C, G, R. Первое время самолеты Ju 88 (Ju 88C-2 и С-4 первых выпусков) целиком выкрашивались черной краской RLM 22. С 1943 года был введен новый камуфляж. Согласно новой схеме, весь самолет выкрашивался RLM 76, а на верхних и боковых поверхностях фюзеляжа, крыльев и оперения делали нерегулярные пятна темно-серого RLM 74 Grau (FS 595B -36086), фиолетово-серого RLM 75 Violet-Grau (FS 595В - 36122) цветов. Изредка использовали зелено-серую краску RLM 02 Grau (FS 595B -36165). В конце войны вместо краски RLM 76 в качестве базовой была использована светло-серая краска RLM 77 Lichtgrau (FS 595B - 36493).
Знак государственной принадлежности -балочный крест (Balken Kreuz) - наносили на верхнюю и нижнюю поверхности крыльев, а также по бортам фюзеляжа. На киле рисовали свастику (Hakenkreuz).
На фюзеляж также наносили знаки принадлежности к части. Эмблемы частей обычно располагали в передней части фюзеляжа под фонарём кабины.