С началом серийного производства самолета некоторая часть машин передавалась на заводы "Хсншеля" для испытания оборудования и отработки новых модификаций. Как отмечалось выше, первым самолетом, переделанным в В-0, был предесрийный А-0 (W.Nr. 1293007). Л первый самолет серии В-0 (W.Nr. 0016) был передан для испытапий температурных режимов двигателя. Следующими машинами, переданными на испытания, стали первые три В-2 (Werknummcm 0266, 0267 и 0280). Один из самолетов использовался для сравнительных испытаний штурмовиков с новым противотанковым оружием 3.7 см пушкой ВК 3.7 (это была усовершенствованная зенитная пушка Flak 18). На испытания выставили Hs-129 и Ju 87 G. который пилотировал известный па тот момент танковый ас оберет Ганс-Ульрих Рудель.
В сентябре 1943 года "Хеншелю" передали еще два В-2 для экспериментов: W.Nr. 141253 и 141256. Эти самолеты использовались для отработки различных вариантов вооружения. Кроме того, в испытательный центр Тарневиц передали W.Nr. 140494, DO+XG, который стал прототипом для В-3.
В октябре конструкторы провели серию испытании штурмовика с 3.7 см пушкой Flak 18. а после их неудач - с 7.5 см ПК 7.5. Также в октябре были проведены испытания Wurfkorper (установка для запуска ПАР). В итоге штурмовик решили вооружить четырьмя такими 21 -см Wurfkorpen. В феврале 1944 юла на Us 129 В-2 (VV.Nr. I4I689) было отработан киль noBoii конструкции. 20 мая В-] ич первой партии Wcrknummcr 3393 (sic, нетипичный номер в серии) был передан в III./LLG I для использования в качестве буксировщика планеров.
Вместе с испытанием вооружения были проведены работы в плане использования на штурмовиках бомб большего калибра. В ноябре 1943 года Ms 129 В-2 (W.Nr. 0266. DQ+2B) был модифицирован для несения 250- и 500-кг бомб. В следующем месяце на том же самолете стали отрабатывать подвеску 5 50-кг бомб в различных комбинациях. Одновременно на W.Nr. I40494 вооружили 7.5 см пушкой ВК 73. а на W.Nr. 0266 начали переоборудования хвостовой части. В августе 1944 года из-за нехватки оборудования работы приостановили и самолет порезали на металл.
Другая группа конструкторов фирмы вела работы по применению со штурмовика напалма. Летом 1944 гола для этих целей передали Hs 129 В-2 (W.Nr. I42001), а после закрытия работ самолет передали дальнейших испытаний в Фальсберг. Но уже в сентябре 1944 года все испытательные самолеты были прикованы к земле, а вскоре и списаны окончательно.
Другим направлением экспериментов была попытка применения с Us 129 неуправляемых противотанковых ракет: 70-мм "Panzcrblitz 1". 55-мм "Panzerblitz II". 210-мм Werfcr Granate W.Gr. 21 и 280-мм W. Gr. 28. Кроме того, испытывалнсь различные варианты подвесок дополнительного 300-литрового топливного бака, а также вариант с катапультируемым креслом. В последнем случае два самолета были даже переоборудованы для статических и динамических испытании.
Интересные детали также дают различные документы по потерям самолетов: так, в боях конца 1944 - начала 1945 годов были потеряны по крайней мере три Hs 129 В-2/ XVI ZS (W.Nr. 141582. 141722 и 141875). По всей видимости, этот префикс обозначал наличие радиостанции FuG 16 ZS (вариант FuG 16 Z. работавшей на частотах (40,3 - 44.7 MHz) наземных частей).
В начале 1944 года командование Люфтваффе потребовало принять на вооружение штурмовик с противотанковой пушкой большого калибра. Это было вызвано прежде всего появлением современных советских танков и самоходных орудий. На заводе "Хсншсля" стали вестись работы по установке на Hs 129 очень эффективного противотанкового орудия РаК 40L. Само орудие подверглось некоторой модернизации, прежде всего это касалось пневмно-электрнчес-кого спуска и демпфирования отдачи и в результате получило обозначение ВК 7,5. Снаряд из такого орудия вылетал со скоростью 932.7 м\сек и пробивал 130-мм броню на расстоянии 1000 метров под углом 90 градусов. Под углом 30 градусов пробивная способность составляла 95 мм. Этого было достаточно для поражения 46-тонного ИС-2. Скорострельность пушки составляла 40 выстрелов в минуту, что позволяло летчику в одном заходе выпустить 3-4 снаряда. В случае аварии был предусмотрена возможность сброса нодфюзеляжной гондолы с пушкой, что увеличивало маневренность самолета и соответственно шансы на спасение.
Установка достаточно мошной пушки потребовала усиления центральной части фюзеляжа и других элементов конструкции. В январе 1944 года шесть только построенных Hs 129 В-2 были переоборудованы для установки ВК 7,5. Кроме собственно гондолы с пушкой вместо стандартного Revi С 12 был установлен новый прицел Ziclfcrnrohr ZFR ЗВ. После таких серьезных изменений потребовалось изменить и обозначение - так на свет появился В-3.
Официальные испытания В-2 (W.Nr. 141258, BH+ZS) с деревянным макетом ВК 7,5 начались на авиабазе Травемюнлс в мае 1944 года. Летчикам испытателям пришлось привыкать к технике пилотирования, так как ствол пушки выходил за обводы самолета на I метр.
В марте только одни В-2 был переоборудован по стандарту В-3 (W.Nr. 141292). однако на официальные испытания штурмовик был передан только 23 нюня. В следующем месяце еще один Hs 129 В-2 (W.Nr. 141494) был вооружен 7.5 см пушкой и отправлен на испытания в Тарневнц. А в августе дошли руки и до третьего самолета, который стали использовать на отевых испытаниях. В результате всего в конструкцию самолета были внесены незначительные изменения. Интересно, что при этом номера н модификации самолетов не менялись.
Первый "настоящий" В-3 (W.Nr. 162033, DT+GB) вышел с цехов завода в конце июля 1944 года. В следующем месяце были сданы еще три - W.Nr. 162034 до 162036, DT+GC до DT+GE. Первые три машины передали в Тарневиц в августе, откуда они напрямую ушли в испытательную эскадру Erprobungs-kommando 26. Это специодраз-дсленне было сформировано на базе 11 .(Pz)/ SG 9 29 декабря 1943 года и базировалось на аэродроме Удетфельл. На тот момент на вооружении состояли четыре Hs 129, четыре Fw 190 и четыре Jii S7 (не считая, конечно, связных и транспортных машин). Подразделение было расформировано 14 февраля 1945 года, а личный состав и техника переданы в состав ErganzungsstalTel SG 151. Ранее все Hs 129 перед отправкой на фронт облетывались в Erprobungskommando Hs 129, базировавшейся в Брауишвсйг-Ваггум в 1941-42 IT. Производство В-3 было остановлено в августе 1944 года из-за острой нехватки материалов и оборудования. К тому времени в разной степени готовности на заводе находилось 20 машин, причем 16 уже успели получить заводские номера (162037-162052). Но по приказу с RLM уже готовые машины были уничтожены. Таким образом, всего существовало только 23 самолета В-3: 20 построенных заново и три переделанных in В-2. Большинство В-3 попало на вооружение 13.(Pz)/ SG 9 (первые пять машин этого типа попали в часть в сентябре) и 14. SlafTel той же группы (первые В-3 - в сентябре). Еще несколько таких самолетов передали в летные школы, а два остались на фирме. Последние летнопршодные В-3 отмечены по документам в составе lO.(Pz) и I4./SG 9 на 9 апреля 1945 года (согласно последнего доклада, отправленного в Берлин в составе этих подразделений было 19 В-2 и В-3).